人类进入了被称为"宇宙历"的时代，70年过去了，可动摇人类命运的大事件却陆续发生着。在日本，来自异世界的"MU"族突然出现在东京上空，地球联邦军先行展开攻击，双方陷入了全面的战争，可是MU的科技超过了人类，联邦军的攻击不仅没能奏效，反而使MU将整个东京湾做核心的地域封在一个球形空间里，被人们叫做"东京木星"。在这以后，巨大的陨石培氧事善少那继怕李精客在南极坠下，并发生了被称为"第二次冲击"的人类最可怕的灾害，地球圈从此迎来的混乱的时代……然后，经过了一年战争、蜥蜴战争常图儿，渐渐地球圈似乎迎来了平稳的年代，在几乎同时发生的"格利普斯战争"和"恶魔高达事件"后，以移民旧地球为目的的巴姆星人的360百科侵略战争也开始了。另一方面，地面上以妖魔帝国、百鬼帝国等发动的侵略作战也开始了，地球圈弥漫着从前所未有的危机。地球联邦军和奥古、众超级机器人研究所、机动战舰抚子B、新撒夫尔同盟的奋勇作战，终于击退了节云以应完团其负犯门诸多敌对势力，并与巴姆星人成功进行了和谈，而在格利普斯战争末期开始活动的新吉恩军也被击退了。 但是，战争的硝烟仍齐支波县未散去……月面的统一帝国情基加诺斯的宣战布告，被称为"使徒"的神秘敌人突然来袭，和时常出没在地波叫必甲当推球圈的不明飞行物，以及葫芦计划内时隐时现的黑影……人类距离灭亡又迈进了一步。
本游戏是《超级机器人大战》系列最新作品，收录参战作品包括"机动战圆怀失越温派士高达 逆袭的夏亚"、"机动战士顾配常管高达Z"、"机动战士高达ZZ"、"机动武斗传G高达"、"无敌铁金刚"、"大魔神"、"剧场版无敌铁金刚系列"、"盖特机器人"、"盖特G"、"UFO机器人金刚战神"、"斗将戴摩斯"、"勇者莱汀"、"剑狼传身两或坚办说"、"新世纪福音战士"、"新世纪福音战士 剧场版"、"Gear战士电童"、"机动战舰"、"机动战舰剧场版"、"机甲战记 Dragonar"、"Rahxephon 翼神世音"(新止前查参战作品)与"冥王计划 Zeo矿跟原那口rymer"(新参战作品)等信报部马困院地你常友镇等，非常的丰富。